Хроника Фаэтона — основная сюжетная линия Zenless Zone Zero. В ежедневнике её заказы отмечены как «[Главная линия]».
Некоторые главы требуют достижения определённого уровня Интернота для продвижения вперёд по истории. Игрок может выбрать использовать пробных персонажей или собственных, а также включить ли режим испытания в меню «Настройки боя». Режим испытания делает врагов сильнее, при этом история и награда остаются прежними.
